他使用了一款叫做“STRING”的工具,这是一种常用于基因相互作用网络分析的数据库,它可以帮助研究人员找出基因之间的相互作用。
随着陈飞的操作,一个复杂的基因网络图逐渐出现在屏幕上。
那些差异表达显著的基因位于网络的中心,周围则是与它们相关的其他基因。陈飞的目光在网络中游走,寻找那些与癌症密切相关的基因。
发现关键基因:TP53
陈飞的眼睛亮了起来,网络的中心有一个熟悉的基因:TP53。
这个基因被称为“基因组的守护者”,它是人体内最重要的抑癌基因之一。当TP53发生突变时,细胞就会失去抑制癌变的能力,从而导致肿瘤的形成。
“没错,TP53果然是肝细胞癌的关键。”陈飞自言自语道,“它的突变可能是推动癌症发展的主要原因之一。”
他将TP53作为核心节点,进一步分析了它的下游调控基因。
通过这次分析,陈飞得出了一个完整的基因调控网络图,展示了TP53在肝细胞癌中的作用,以及它如何通过调控其他基因,推动癌症的发展。
第五步:验证和发表文章
实验思路逐渐成型,接下来就是如何把这个思路撰写成文章并发表。
陈飞深知,任何实验都需要通过验证和同行评议,才能被科学界接受。
他决定将这篇文章的核心思路和实验结果汇总,写一篇论文。
文章会详细描述如何通过RNA-seq数据、随机化采样、差异表达基因分析以及基因调控网络的构建,找出肝细胞癌的关键基因,并将TP53突变作为核心推论提出。
“这篇文章,一定能成功。”他笑着对自己说道。
夜已深,陈飞依旧伏案工作。RNA、肝细胞癌、TP53……这些关键词不断在他的脑海中闪现。此刻,他仿佛回到了孟德尔那个时代——一个科学家在默默无闻中坚持着自己的研究,等待着真理的闪耀。
“孟德尔,你能成功,我也能。”
陈飞喃喃自语,然后继续敲打着键盘。
这一次,属于陈飞的科学篇章,正悄然展开。
陈飞坐在电脑前,眼睛盯着屏幕上的代码,双手飞速地敲击键盘。
他知道,系统给出的实验思路是他的机会,作为一名本科生,能参与到高水平的生物信息学研究中已经是件不容易的事。而他更明白,要想从中脱颖而出,除了跟随系统的提示,还必须掌握更多的技能,比如——编程。
是的,自学代码,这是他目前最迫切的任务。
“写代码居然比搞实验还痛苦……”
他叹了口气,揉了揉发酸的眼睛,但随即又集中注意力,继续学习。他现在使用的是Python语言,专门用于处理RNA-seq数据的生物信息学工具包。
复杂的基因网络分析、差异表达基因的筛选,都要通过这段段枯燥的代码来实现。
时间悄然流逝,大三下学期的四月已经悄然到来。
四月,对很多人来说是充满生机的季节,但对陈飞来说,这更像是一场马拉松的中段,他既要面对学业的压力,又要抓紧准备各大高校的夏令营。
夏令营,这不仅仅是一个锻炼机会,更是提前锁定保研名额的最佳途径。各大高校的夏令营竞争激烈,机会稍纵即逝。他需要为自己争取一个席位,但眼下最紧迫的,是将系统任务的文章投出去。
陈飞的宿舍已经变成了他的临时“实验室”。
书桌上堆满了参考书、笔记本,旁边还有一杯早就冷掉的咖啡。每当同学们经过他的桌子时,都会不自觉地停下脚步,惊叹于他那专注的神情。
“飞哥,这都大三了,你还这么拼?别卷了别卷了,快来打游戏!小哥哥小哥哥,快来玩呀!”同寝的室友小王一脸揶揄地看着他。
陈飞头也不抬地敲打着键盘,淡淡地回了一句:“拼一下,不然以后就得洗碗了。”
虽然话说得轻松,但他心里清楚,这篇文章意味着什么。
作为一名生物信息学的“新手”,他必须比其他人更加努力,才能在这个领域站稳脚跟。而且,他投的期刊可是BriefingsInBioinformatics,影响因子高达9分!
这可是难度极高的期刊,只有顶尖的研究才有机会在这里发表。
随着时间推移,一阵清脆但致命的闹钟声从手机传来,陈飞从电脑前匆匆站起身,拿起实验服,快速赶往实验室。
鼠房,那是他的另一片战场。在这里,他需要对数以千计的实验老鼠进行管理和处理。小小的鼠房弥漫着特有的气味,吱吱作响的老鼠笼子挤满了每一个角落。
每次进入鼠房,陈飞都会先深吸一口气,仿佛要在这片“鼠海”中打起一场艰难的战斗。
陈飞不由得想起来自己第一天进入鼠房的那次经历。
陈飞第一次走进实验大楼的那天,正好赶上了“鼠房”当班。
他当时心里充满了好奇和期待,毕竟对于一个刚刚走进大学的本科生来说,此时的实验室里还是充满各种神秘的故事。
可是,等他被带到更衣室,师兄一脸严肃地对他说:“先洗澡洗头,换上这套衣服。”他愣了一下。
“洗澡?”陈飞看着师兄递过来的一大堆物品,有毛巾、洗发水、浴巾,还有一套看起来像桑拿服的粉色衣服,脑子里冒出了一连串问号。
他下意识地以为,或许实验室有些“人性化”,在处理完老鼠之后能泡个澡放松一下,顺便消消毒。这念头一冒出来,他甚至有点小兴奋,心想科学研究果然讲究高规格。
可等他一头扎进浴室,没泡着澡,还得认真洗干净自己,再一出来,见到那看起来像是去桑拿房穿的松松垮垮的衣服时,他并没有意识到,这不是休闲放松的预兆,而是噩梦的开始。
他按照要求把自己清洗得像个瓷娃娃似的,头发也得洗得干干净净,刚换上那套宽松的桑拿服,准备问师兄接下来是不是该去“休息”了。
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