随着新法深入的推进，大宋朝的财政收入在翻倍的增长。经济基础的变化，使得上层建筑显得越来越不相适应。朝廷上很多事情像是谁都管，但谁都不负责，并且谁的权力越大，谁承担的责任越小。承担的工作难度大、任务重的，倒是人人都能批，都能指责，都能指指点点。冗官现象也非常明显，大量冗余官员靠官、职、差遣组合授官。例如有人官是吏部郎中，而实际差遣却是负责转运，造成组织混乱，考核磨勘也困难。
大宋朝廷机构有省、部、寺、监，既有重叠关系又有隶属关系。省，是最高行政官署，名义上有门下、中书和尚书三省，但权力被分的四分五裂，主官“同中书门下平章事”即宰相，管什么不管什么没有明确界限。最多时有三位宰相，首相以昭文馆大学士充任，如王安石复相时官衔为“同中书门下平章事、昭文馆大学士”；次相以监修国史充任，如吴充任宰相，虽排名在前，但名衔为“同中书门下平章事、监修国史”；第三相以集贤殿大学士充任，如熙宁九年王珪加“同中书门下平章事、集贤殿大学士”。部，是尚书省下设按业务划分的机构，有吏、户、礼、兵、刑、工六部。宋初为了限制官员权力，尚书省名存实无，六部更是闲置，六部之外成立新的部门履行其职能。寺，是一些职能比较单一的行政机构，有四寺，大理寺、鸿胪寺、司农寺、太府寺。监，与寺的性质接近，有司天监、国子监、军器监、都水监、将作监等。
元丰时期，朝廷有名义上的最高宰府——中书省和枢密院，但财政、专卖和户部由三司独立主管。中书省有刑部主管司法，但仍然有大理寺、审刑院独立于中书省的机构，也主管司法。皇帝发的诏书还须要经过通进银台司审核，审核不通过的进不了中书省。另外还有两个怪胎部门，谏院和御史台合称言官。论司法，他们不以事实为依据，可进行“风闻言事”，即捕风捉影；论行政，他们只提批评意见，不提可行性建议，可以说只搅事不做事。
当大宋生产力发展水平进入了元丰时代，这些都显得极为刺眼。之前神宗皇帝和王安石商量是否应该进行官制改革时，王安石建议先改制度，再改组织机构。现在，神宗皇帝认为官制改革的时机已经成熟，就在王安石罢相后开始为官制改革做准备。他命馆阁重新校核《唐六典》。《唐六典》是唐玄宗年间编撰的行政法典，上面记载了唐朝开元前的官制。元丰元年《唐六典》校勘完成，元丰三年刻成雕版，印制出来赐给近臣及馆阁大臣。神宗皇帝本人也做了很多功课，深入研究了这部行政法典。
元丰改制让过去错位的机构职能重新归位。但不同于唐制，枢密院仍然保留，并且三衙及所辖的步军司、马军司、殿前司仍独立于枢密院。可见五代军阀留下的阴影一直萦绕在大宋皇帝心中。将政事堂职能重新归于三省名下，中书声取旨，门下省审核，尚书省执行。既然门下省审核，通进银台司便没有存在的必要了。改制后宰相两位，首相为尚书左仆射兼门下侍郎，又称左相；次相为尚书右仆射兼中书侍郎，又称右相。从名称可以看出，尚书、门下、中书三省虽然分置，但主官兼任，以防止互相扯皮，各自为政。不再设置参知政事，设四名副相，分别是门下侍郎、中书侍郎和尚书左丞、尚书右丞。
六部被侵蚀的职能重新归位。吏部收回了分散于中书省、审官院、枢密院、三班院、考功院的官吏铨选职能；户部收回了三司及司农寺的部分职能；撤销太常礼院、贡院，职能归于礼部；军事方面的职能依旧由枢密院统领依，兵部能收回的职能比较少，只是一些一般性军事事务和民兵事务交由兵部管理；刑部收回审刑院的复审权，以及大理寺的职能；工部也把三司中相关职能收回。
宋初非常重要的三司职能划归户部、工部后，予以撤销，伴随着三司存在了上百年的三司使——计相不复存在了。另外撤销的重要机构是谏院，其“规谏讽谕”之责，由设在门下、中书两省的左右谏议大夫、左右司谏、左右正言的职官担任。对于行使监察职能的御史台则隶属于尚书省。这样显然可以让建议都更加切中实际，避免天马行空的提意见。
改制后，“罢去空名”，有名无职的那些寄禄官岗位被撤销。这样显然就裁掉了不少冗官，而这些寄禄官通常都是恩荫来的，仗着家世都很傲气。但这次改革是神宗皇帝亲自主导的，反改革派们自然不敢怒、不敢言，神宗皇帝的态度是明确的，苏轼的前车之鉴就在眼前。而“实典职事”，是把正官和差遣合二为一，以阶官代替正官。新寄禄格，从最高等开府仪同三司到最低等的承务郎共二十四阶。
改制后，三省六部重掌职权，机构名实相符，废止了一些重叠机构，确实理顺了行政关系。实行以阶易官，新的寄禄格简单明了，简化了职官制度，减少了官员岗位。至此，“元丰改制”的两个目的，一是理顺各机构行政关系；二是减少冗官，就都达到了。
改制后行政效率提高了，但问题就出在效率提高了。做正确的事效率提高了，做错事的效率也提高了。生产力发展了，就需要提高政府的行政效率，政府
效率一旦提高，如果政府做事的方向是错的，高效的行政只是加速灭亡。
原本司法机构审刑院和大理寺是独立于行政机构中书省的，虽然立法权仍然在中书省，但至少还是做到了司法独立。现如今司法全部归于尚书省的刑部，那就不可避免的将行政、立法、司法三权融为一体，完全不分立，统属于政事堂。皇权还经常凌驾于法律之上，这样的高效不就是祸患吗？
再看谏院与御史台的裁撤，虽然之前靠官员监督官员，官员监督皇帝的做法不是什么好政治，但是监督还是比不监督要好一点。当然最好的监督是引入百姓的监督，但在一个连立法都和百姓无关的时代，怎么可能做到百姓的监督？百姓无权监督，官员也无权监督，必然将走向堕落，也就不会有什么好政治。
如果士大夫的权力在不断裁撤，皇权则就在加强，也许这也正是神宗皇帝想看到的。在一个纷扰的世界里，怎么可能存在一个人总是代表正确？神宗皇帝认识到官员不可信，可他没有想过，其实自己也未必可信，只有良好的制度才能减小政治风险。但建立一个优良的制度又谈何容易，每一个人来到这个世界上何尝是干干净净的来？呱呱坠地的那一刻，血液中便凝结着传统，这传统更是充满了偏见与执拗，人们从此禁锢在洞穴中。每个人都那么热切的盼望走到海天的尽头，去看世界的真相。然而，地平线却一直伴随着我们，我们走到哪里，它就跟到哪里，局限着我们，禁锢着我们。
文彦博曾提醒神宗皇帝，陛下是在与士大夫共治天下，而不是在和百姓共治天下。言外之意，不要万事都站在百姓一边，可神宗皇帝为什么不想一想，凭什么不能和百姓共治天下？
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