在附近森林里修行的希巴天王也赶到了宝可梦中心，询问着事情之后，发现了其严重性。作为格斗系天王的他也拥有一只大岩蛇，但是当他感觉到事情的不对时，在借用宝可梦中心的特殊通讯装置，告知其余的三位天王后，希巴准备去见见引发宝可梦潮的罪魁祸首。
天空因为水系宝可梦和地面系宝可梦的大招对垒，乌云密布，整个空间好像都变得胶着起来，水系宝可梦们企图用祈雨去阻挡那些岩石系宝可梦前进的道路，岩石系宝可梦则是使用岩崩让那些水系宝可梦丧失战斗能力。
“小麟！小麟！”被某种声音呼唤的小麟，好像全身的力量被控制住了，感受到小麟的不对劲，清涟摇晃着小麟。两人的状态似乎有些不太对劲，好像被什么神秘的东西带走了灵魂。
大木麟身上的时空之力和清涟身上的常磐之力开始错纵交织，有很快的消失不见了。
而大木麟和清涟的意识被带离这个时空，他们感受了时间的逆转…好像回到了很久很久很久之前。
他们分别被两个人吸引，变成了两个古人，但是却无法控制自己身体，就好像是身体的旁观者。
大木麟附身的人，出生将门，从小就学习各种兵法，小时候，身边有一只独剑鞘陪伴着自己。渐渐地，男人长大了，从一名小兵变成一代将领，这个人用了五年的时间。他带着名为独剑鞘的魔兽（古时候称宝可梦为魔兽）征战沙场。为这个帝国开疆扩土，因为用兵如神，常常给对手致命一击。一路加官晋爵，帝国帝王也很重用他，无论是后方的粮草还是前方战士的武器披甲，都是要什么给什么。
清涟附身在了一位出生世家的少年身上，少年学富五车，常常和少将军一起讨论天下大事，就这样，少年长成青年，最终位列人臣之首。少年身边有一只可爱的多龙奇，他玩心极重，经常会乘少年不注意的时候偷跑出去，又悄悄回来。它以为少年并不知道他的行为，却不知少年将它的一举一动都看在眼里。常常多龙奇在外面犯下的错误，都是少年悄悄派人去解决的。
少年因为文采名扬天下，受到了帝国帝王的召见，帝王惜才，将他的建议一一采纳，少年为了不辜负帝王的赏识，经常深入百姓之中，感受着他们的悲欢忧愁，感同身受后提出了一项又一项实质性的建议。让百姓对这位少年无比感激。
正是如此，这个帝国从碌碌无为变得盛极一时，万国来朝。但是好景不长，帝国主宰者的更替打破了这一切。没有一位新主愿意重用曾经帝王的部下，即便是两人站在中立方，也无法改变新帝对他们粉忌惮。
两人都以为自己要在这两人身上度过一生，但是有时候天不遂人愿，无论是年少成名，驰骋沙场的将军，还是深受百姓爱戴，提出无数利国利民建议的少年丞相。都逃不过那句话——狡兔走，走狗烹；飞鸟尽，良弓藏；敌国破，谋臣亡。
一朝天子一朝臣，即便遇到赏识他们的晚年帝王，也无法阻止新帝继位后对他们二人的忌惮。
两人也深知自己时日不多了，将军为自己打造了一个衣冠冢，派人告诉独剑鞘自己已经离世，放他自由。只是，跟将军相处数十年的独剑鞘又怎么会独自抛弃将军，它选择将自己与那衣冠冢融为一体，等着着将军终有一天将自己带出来。
而多龙奇则是被丞相交给亲信，早早的远离帝国，幽灵系的宝可梦让多龙奇甩开了护卫，悄悄的返回帝国。至此它都认为是丞相跟自己在做游戏。
好像一切是那么的巧合，新帝最终用一个荒谬的原因将二人聚在一起，用一杯鸩酒结束了两人传奇的二十年。而暗处，多龙奇注视着这一切，它不敢出声，因为它知道，丞相想要保护自己的心思，它不可以被帝国发现，作为幽灵系宝可梦的它感受到了一股自己训练家的力量，冥冥之中有股力量告诉他，他的训练家并没有死去，只要自己足够有耐心，就可以找到他。
被鸩酒结束生命后，大木麟和清涟的思维再一次的穿梭在时间的长河之中，就和来时一样。
飞翔在空中的暴鲤龙，自然不知自己背上的两人已经经历过古代一个强大帝国的将军和丞相那辉煌的一生，即便是死的不明不白，两人给那个古代帝国带去的是未来两百年的安定与和平。
随着思维的回归，清涟感受到脖子上那熟悉的气息，在古代，多龙奇最喜欢盘在少年的脖子上，装作一条围脖，随着少年出入各种场地。那熟悉的感觉让清涟潸然泪下，眼泪滴落到了多龙奇的身上，它抬起头，舔舐着清涟的泪水，多年的寻找积攒的怨气和不解，在遇到清涟的烟消云散，它还是最喜欢自己的训练家。
而小麟的思维却透过了时间和空间，他好像看到了曾经的独剑鞘孤独的守在衣冠冢内，等待着将军将它带离。
“等着我，独剑鞘！”大木麟早已将独剑鞘看成自己的宝可梦了，未来自己一定要去那衣冠冢内，将独剑鞘接出来。
天空中的对战仍旧在继续，无数的宝可梦被打落在地，又有无数的宝可梦重新接上继续战斗，这就是宝可梦的对待事情的执着。
暴鲤龙落地后，小麟和清涟两人互相对视，二十几年的时光，他们自然是知道彼此的。这段记忆，就让两人永远的埋藏心底吧。
而城市的另一边，快龙正在和一只大钢蛇激烈的打斗着，这就是尼比市附近大岩蛇的头领，一只纯靠自己进化的大钢蛇。在自然界的大岩蛇想要进化成大钢蛇，需要深入地底，用带有磁性的矿石不断的打磨自己的身体，经过数十年的积攒，身上的每一块石头都经过无数的岩石淬炼后，就拥有了进化的钥匙。
每一个自然界的大钢蛇都是忍受孤独后，方能成就自己的狠兽。
而和快龙打斗的大钢蛇不知道经历了多少年，已经达到了天王级的水平，才能够统领整片区域的宝可梦。一时间快龙也无法奈何他，他的速度太快了，再加上对这一片土地的熟悉，数次躲过快龙的攻击。
打了一会的快龙也有些恼了，看到暴蝾螈已经结束战斗，自己也不能落下妻子，将背上的迷你龙和甲壳龙丢给暴蝾螈，飞上天空，暴蝾螈看到快龙的姿态，马上离的远远的，她知道，快龙这是要开大了。
暴蝾螈怒吼着让所有宝可梦快点离开，在暴蝾螈的警告下，在场的训练家纷纷离开，就在最后一个人离开后，漫天的流星群照亮了整个天空，在尼比市周围战斗的所有人和宝可梦都不约而同的看向那如同白昼一样的流星群。
大钢蛇感觉不妙，正准备逃走，可是快龙可是憋着一股火，他怎么可能在孩子面前落了下风，无数道陨石从天而降，向大钢蛇砸去。如果不是那毁灭性的能量，说实话，像极了盛世的烟火。
毫无意外，大钢蛇和他的同伙被这龙星群砸的快看不到本来的样子了。快龙也没有下死手，他知道他们罪不至死，但是庞大的龙系能量也让在场的所有人感受到了快龙的强大。
“暴鲤龙，我们快去快龙那里。”看到那龙星群后，大木麟有种不好的预感。
暴鲤龙巨大的身躯让飞行的时间大大缩短，没过多久，他便飞到了战场的中心。
快龙和暴蝾螈看到小麟后立马跟他打着招呼，突然，一道黑影从身后袭来。大木麟根本来不及躲闪，暴蝾螈直接将暴鲤龙拍落在地，顺势一个龙尾将黑影打散在空中。
“吼！滚出来！”已经陷入暴怒状态的暴蝾螈看着黑暗处的人和宝可梦。她决不允许任何人在她面前伤害大木麟。大木麟是她看着长大的，她早就将小麟划进自己的势力范围了。
快龙原本憨厚的面容变得极为严肃，根本不再哔哔一句，一道破坏死光直接扫射过去。
训练家的队伍里，希巴天王的出现，引起一阵惊呼。希巴也是被快龙的龙星群吸引而来，看到大木麟被攻击时也不由揪心。他是认识大木麟的，同时也很清楚，如果大木麟在这里受到伤害，那么快龙和暴蝾螈一定会暴走了，那时候，两只冠军级宝可梦的威力不亚于这场宝可梦潮。
这场宝可梦潮最强的也就是那只大钢蛇，堪堪天王级，被快龙收拾的根本爬不起来。而冠军级的宝可梦，足以让整个尼比市震颤，没有人可以阻挡他们前进的步伐。
破坏死光好像并没有命中攻击的宝可梦，快龙准备飞过去一看究竟，却被大木麟叫停，刚刚被暴蝾螈一巴掌拍到地上的暴鲤龙也有些不太好受。
“快龙，他们已经不在那里了。”直觉告诉小麟，刚刚他们看到的黑影很可能是影子分身，而真正的黑手早已经离开了。
“哇呜~”快龙询问着大木麟有没有事情，刚刚有没有打中他。大木麟表示自己没有什么事情。
大木麟在思考着究竟是谁刚刚对自己发动袭击的，看来这一场宝可梦潮并没有想象中那么简单。
一切即将尘埃落定，快龙和暴蝾螈带着他们来到一片人少的地方，暴蝾螈还在为刚刚的事情有些不安，甚至想要和小麟一起旅行，都被小麟拒绝了。写了一份封，让快龙带给大木博士后，两只宝可梦告别了小麟向真新镇飞去。
随着联盟的人逐渐赶来，这场宝可梦潮也因为首领被打败而开始散了。
随之宝可梦潮中的野生宝可梦开始消失回归自然，要不是尼比市的建筑有损毁，刚刚那场灾难对所有人而言犹如隔世般。
之后，相关人员开始对尼比市进行修复和重建工作。
“清涟，你之后有什么计划吗？”看着自己的宝可梦吃的挺香，也挺喜欢清涟做的食物，小麟坚定了拐走这个培育家的想法！
“说实话，我不知道…”清涟摇了摇头。
“你出来旅行多久了？，既然没有计划，不如和我一起旅行吧！”小麟试探道。
清涟思索了一下，“好呀，我有一点点私事要留着这里几天，你可以稍微等等我吗？”
“唔…这样吧，我也有点私事，不然我们相约半个月后华蓝市见？”小麟思考了一下大傻谷的时间，说道。
“没问题，那华蓝市见。”清涟点了点头。
次日，小麟便向大傻谷出发了。送走小麟后，清涟长舒了一口气。
第二日，在宝可梦中心，清涟将自己的宝可梦给乔伊做了个检查。默默的躲到一边，在一个很普通的人手上，接过一个特制的宝可梦球。
乔伊检查完自己的宝可梦，修整了一下自己，便向华蓝市进发。
各怀心事的少年们未来可期呀~
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